Le opere dell’esposizione permanente si susseguono in quarantatre sale, distribuite sui due piani dell’edificio con un criterio flessibile basato, di volta in volta, sulla successione cronologica delle opere, sulla loro omogeneità all’interno delle varie tendenze artistiche e sulle specificità nazionali degli artisti, consentendo in tal modo un molteplice livello di lettura dell’arte dopo la Seconda Guerra Mondiale. Il primo piano ospita dipinti e sculture italiani ed europei dalla fine degli anni Quaranta alla fine degli anni Ottanta; il secondo piano propone opere americane ed europee dagli inizi degli anni Ottanta alla fine degli anni Novanta.
In ciascuno dei due piani uno spazio aperto accoglie installazioni e sculture dagli anni Settanta a oggi. Due opere occupano un posto particolare: l’installazione Caspar David Friedrich di Claudio Parmiggiani, allestita nel cavedio che si sviluppa tra i due piani del corpo di fabbrica, e l’audio installazione di Vito Acconci Due o tre strutture che s’ aggancino a una stanza per sostenere un boomerang politico, per la cui presentazione è stato integralmente ricostruito lo spazio che l’aveva originariamente ospitata nel 1978.